四川省农业科学院土壤肥料研究所成立于1973年，主要从事土地资源利用与保护、节水农业、水土流失监测及防治；农业环境污染及防控技术研究；现代农业设施建设；植物营养及农作物高产高效施肥技术研究；肥料新品种和专用复合肥开发；绿肥牧草新品种选育研究和开发；特种作物（烟草）栽培技术研究；新优名贵食用菌品种选育、栽培和加工技术；及农用微生物制剂等产品的研究与开发。该所现有在职职工85人，高、中级科技人员52人，其中研究员9人，副研究员19人，博士13人，硕士22人。享受政府津贴专家2人，四川省学术技术带头人2人，后备人选7人，省优专家4人。是中国农科院西南农业资源环境研究中心。2011年和2012年先后被国家和改革委员会授予“国家地方联合工程研究中心”和“国家地方联合工程实验室”。2012年“十一、五”评估排名全国百强所第28位。

“十一五”期间，先后承担国家、部省级科研项目150多项。“十一五”以来获省级以上成果21项，其中国家二等奖二项，省一等奖二项，省二等奖10项。在《中国农业科学》等国家一级学报上发表论文159篇。2000年以来，通过国家认定或审级审定的食用菌新品种51个。审定食用菌省级新品种10个，获国家新品种认定18个。获国家授权专利9项，其中发明专利5项。制定涵盖食用菌、肥料及保护性耕作等方面的省级地方标准21项。

微生物研究室是四川省农业科学院土壤肥料研究所下属的研究机构之一，是西南地区最大的食（药）用菌遗传育种、栽培及产业化研究开发中心，在全国食（药）用菌的育种、栽培、精深加工及产业化开发中占有重要的地位。中心从20世纪60年代开始从事农业微生物领域的研究和推广应用工作，20世纪70年代初开始从事食用菌品种选育及栽培技术研究，现专业从事食药用菌育种、栽培、产品加工以及农业与环境微生物学研究，先后承担国家科技部、农业部、四川省等纵向食（药）用菌领域科研项目100余项，横向科研项目10余项，登记成果20余项，其中获省级三等奖以上成果15项，其中获国家技术发明二等奖（1999）1项，省科技进步一等奖2项、二等奖3项，选育通过国家认定的食用菌新品种17个，在国内外刊物上发表论文近300余篇。目前拥有食用菌科研和成果转化人员56人，高中级研究人员21名，其中研究员6名，副研究员9名，博士9人，硕士12名。拥有国家现代食用菌产业技术体系岗位专家2人，综合试验站1个；四川食用菌创新团队首席专家1人，岗位专家3人。